四川省农业科学院前身为1938年成立的四川省农业改进所，1964年正式建制为四川省农业科学院。全院现设作物所、土肥所、植保所、生核所、遥感所、信息所、测试中心、园艺所、茶叶所、水稻所、经作所、蚕业所、水产所等13个研究所（中心）和实验场、服务中心2个服务机构。截止2005年12月底，有职工2479人，其中在职职工1480人。全院现有博士52人、硕士111人；研究员62人，副研究员159人；国家突贡专家7人，国务院政府津贴专家69人；省优专家8人，省学术和技术带头人24人、后备人选27人；四川省和成都市科技杰出贡献奖获得者2人；国家百千万人才工程第一、二层次人选和新世纪百千万人才工程国家级人选2人。

全院设有粮食和经济作物育种、种植制度、资源环境、生物技术、信息技术、家蚕、水产等50多个学科和专业。近年来，先后建设了一批国家级研究中心和国际合作中心（实验室）：四川省农科院水稻区域技术创新中心，国家农作物改良中心成都玉米分中心、泸州水稻分中心和简阳棉花分中心，农业部植物新品种保护测试（成都）分中心，中德油菜研究中心，农业部转基因植物环境安全监督检验测试西南中心，农业部食品质量监督检测中心，农业部遥感中心西南区域分中心，农业部长江上游农业资源与环境重点开放实验室和水稻、玉米、小麦、油菜、棉花、高粱等原原种基地，联合国粮农组织国际农业信息体系中国西南分中心，博士后科研工作站，四川省国际科技合作基地与中国和德国合建的“中德油菜研究中心”等。

 “九五”以来，全院获得国家、部、省级科技成果奖119项。其中，国家发明二等奖2项、三等奖2项，国家科技进步一等奖1项、二等奖4项，三等奖1项，省科技进步特等奖1项、一等奖10项、二等奖29项，发表论文2990篇。 

“十五”期间，我院育成农作物新品种168个（国家审定品种19个，省级审定品种149个），占四川省攻关组育成品种的38%，被列为省主推品种26个,获专利45项，品种权25个。2004年获得农业部植物新品种保护先进单位。

 “十五”期间，我院主要农作物新品种在省内外累计推广2.7 亿亩,占全省粮棉油作物种植面积的40 %；新品种、新技术、新产品在省内外累计推广2.1亿亩，累计增加粮食135亿公斤,皮棉1200万公斤，新增社会经济效益130亿元。

2004年，经科技部评估，我院有3个研究所进入全国省级农林科研机构科技综合竞争力前100名，其中，作物所名列全国省级农科院“百强所”第一。2005年，我院被省委、省政府授予“科技创新先进单位”和“科技对外开放先进单位。